항생제 복용은 세균(박테리아) 성장을 막거나 죽이는데 치료제로 사용된다. 항생제 자체도 미생물에 의해 만들어진 물질. 감기나 독감 바이러스에는 별 소용이 없다. 전문가들은 적절히 복용하지 않으면 균에 내성이 생기는 요인이 될 수 있다고 경고한다.

여드름 때문에 쉽게 처방되는 항생제 역시 내성이 생기는 요인이 될 수 있다. 최근 여러 연구들에 따르면 손 세정제에 들어가는 항균제의 하나인 트리클로산(tricolsan) 역시 균에 대한 내성이 생겨 항생제 효과를 떨어뜨리는 요인이 될 수 있는 것으로 밝혀졌다.

균이 원인인 패혈성 인후염(strep throat)은 항생제 처방이 필요하다. 심한 목감기의 경우 의사에게 패혈성 인후염은 아닌지에 대해 검사를 요구하는 것도 필요하다.

중이염의 경우는 바이러스가 원인인지, 세균성인지를 진단 받아야 한다. 그에 따라 항생제 처방이 필요할 수도 있으며, 세균성이 아닌 바이러스가 원인이면 항생제 없이 나아지기도 한다. 또한 세균 감염이 확실한 폐렴, 급성 요로감염이나 신우신염 등에도 항생제가 치료제로 사용된다.

항생제 복용에서 흔히 나타나는 부작용은 앨러지 같은 과민반응이다. 두드러기 같은 발진이 나타나거나 호흡곤란, 미세 열 등이 나타날 수 있다. 또한 설사 같은 부작용도 나타날 수 있다. 앨러지 반응이 나타나면 즉시 복용을 중단하고, 다른 약을 처방받도록 한다.