자르지 않은 단호박은 그늘지고 서늘한 곳에 두면 6개월 이상 저장할 수 있다. 그러나 일단 자른 후에는 속과 씨 부분부터 상하기 시작하므로 속을 말끔히 제거하고 랩으로 단단하게 몇번이고 싸서 냉장실에 보관한다. 오래 보관하려면 용도에 맞게 썰어서 익히거나 쪄서 곱게 으깨어 한번 요리할 분량만큼씩 나누어 냉동실에 넣어두면 2개월쯤 보관할 수 있다.