또 회의록 삭제 지시는 대통령의 통치행위에 해당하기 때문에 이를 이행한 것은 위법이 아니라는 해석도 있다. 노 전 대통령은 당시 회의록에 대해“국정원에 넘겨서 다음 대통령들이 보게 하고, 국가기록원에는 넘기지 말라”고 지시한 것으로 알려져 있다.

청와대는 정상회담 회의록이 대통령기록관에 존재하지 않는다는 검찰 발표와 관련, “사초 실종은 국기 문란”이라며“있을 수 없는 일”이라고 밝혔다.

반면 노무현재단은 성명을 통해 “정상회담 대화록이 봉하에서 대통령기록관에 반환한 이지원에는 존재한다는 것이 확인됐다”며 “더 이상 은폐니 사초실종이니 하는 주장은 근거가 없어졌다”고 반박했다. 재단측은“최종본이 만들어지면 초안이 삭제되는 것이 당연한데도 검찰이 삭제, 복구 등의 표현을 써 의혹이 있는 것으로 몰아가는 정략적 행태는 유감”이라며“다만 이지원에는 남아있는 대화록이 대통령기록관에는 왜 존재하지 않는지 그 이유를 규명하면 될 일”이라고 밝혔다.

청와대 관계자는“조사하고 있으니 지켜보겠다. 이런 일이 다시 있어서는 안될 것”이라며 이 같이 말했다.