토마토의 기원은 페루설과 멕시코설이 있다. 토마토에 관한 기록으로 페루 잉카제국의 고원지대에서는 붉은 색이 아닌 푸른 토마토를 경작했다가, 그 후 안데스 산맥에서 자라던 야생 토마토가 인디오들의 이동에 따라 중앙아메리카와 멕시코에 전해지면서 일상적인 식품으로 자리 잡게 된 것으로 추정된다는 설이 있었다.

그러나 1984년 젠킨스라는 식물학자가 토마토의 분포조사를 기초로 새로이 멕시코설을 제창하였는데, 멕시코에서 재배된 토마토와 관련 있는 역사적, 언어학적, 고고학적 그리고 토마토 종류 등 증거들이 다양하게 발견되고 있기 때문에 현재는 이것이 유력한 학설로 받아들여지고 있다. 그러나 최초의 토마토가 언제부터 실용화 되었는지에 대한 기록은 남아 있지 않다.

다만 멕시코의 아즈텍(Aztec) 왕국에서 말하는 초창기의 토마토는 옥수수 밭에서 자라는 약간의 노란색을 띤 작은 열매가 달린 잡초였다고 하는데, 아즈텍인들은 이런 야생 토마토를 체계적으로 재배하고 다양한 요리에 사용하기 시작하였다고 한다. 소금과 양념을 섞어서 생으로 먹었다는 기록도 남아 있는데 당시 아즈텍인들은 토마토의 씨를 섭취하면 예지의 능력이 생긴다고 믿고 있었다고 한다.

토마토의 어원은 아즈텍 언어인 ‘토마틀’(tomatl)에서 파생되었는데 ‘잔뜩 부풀은 과일’이라는 뜻이 담겨 있다고 한다. 이를 스페인 사람들은 토마테(tomate)라고 불렀고(오늘날에도 토마토를 토마테라고 부른다), 유럽에서 현재 사용되는 ‘토마토’라고 부르기 시작했다.

초창기의 토마토는 독성식물로 인식되어서 그것을 많이 먹으면 이가 빠진다거나 냄새를 맡으면 미쳐 버린다는 등의 억지 루머가 생겨나 유럽에서는 냉대를 받아오다가 1700년대 초반에서야 비로소 붉은 색깔의 야채로 인정을 받기 시작했다.